Programma
Il programma di ricerca è legato allo sviluppo di tecniche computazionali ispirate alla meccanica statistica applicate alla ricerca biologica: dall’analisi quantitativa di basi dati biologiche su larga scala all’inferenza di reti complesse di interazione.
La ricerca di tecniche specifiche per l’analisi di grandi quantità di dati sperimentali ottenute attraverso i moderni strumenti di sequenziamento ed espressione genica pone problemi formidabili dal punto di vista computazionale. Tali problemi spesso risultano intrattabili utilizzando tecniche algoritmiche standard. Tuttavia, negli ultimi anni sono state sviluppate tecniche di inferenza e ottimizzazione molto efficienti ispirate alla fisica statistica dei sistemi disordinati.
Le prime applicazioni a problemi di inferenza in biologia sono da considerarsi come prove concettuali della possibilità di rendere queste tecniche disponibili alla comunità che opera nel campo della biologia computazionale.
Queste nuove tecniche computazionali sono di grande interesse per la ricerca in biologia: dall’analisi quantitativa di basi dati biologiche su larga scala (espressione genica, DNA-copy number, variabilità evolutiva di sequenze di proteine omologhe in specie diverse), all’inferenza di reti complesse di interazione (proteina-proteina, trasduzione del segnale cellulare, e interazioni per la regolazione di espressione genica). Queste tecniche risultano inoltre promettenti in problemi legati all’inferenza nell’analisi delle basi genetiche del cancro.
Nell’ultimo periodo un consistente sforzo è stato rivolto alla pianificazione per le attività sperimentali del gruppo di Statistica Inferenziale e Biologia Quantitativa. Particolare attenzione è stata posta nell’organizzazione della sezione rivolta alla biologia molecolare e alle tecniche di ingegneria genetica di ultima generazione. (PI: A. Pagnani)
